Uyuşmazlıkların çözümünde yargı merciinin belirlenmesi, olayın hangi aşamada gerçekleştiğine bağlıdır: Sözleşme İmzalanana Kadar: Sözleşmenin imzalanması da ihale kapsamında sayıldığından, sözleşmenin imzalanmasına kadar ortaya çıkan uyuşmazlıkların çözüm yeri kural olarak idari yargı yeridir .

İptal kararı öncesi şartnamede delil sözleşmesi hükmü mevcut iken sözleşmenin imzalanmasıyla eki hâline gelen ve sözleşme hükmü niteliğini alan şartname, sonradan ortaya çıkacak uyuşmazlıklarda dahi uygulanacak ve idari yargıda iptal kararı verilmiş olsa dahi mahkemelerce bu hüküm uygulanacaktır.